Subtiles é um programa em Perl para manipulação de arquivos de legenda através da linha de comando. Não existe pacote para Ubuntu mas você pode baixar o tar.gz no site, descompactar e copiar o arquivo subs para /usr/bin. Depois disso instale o pacote libsubtitles-perl usado pelo script.

Entre as diversas tarefas que ele realiza, consegue juntar legendas com facilidade:

subs -j 2 pt1.str pt2.str -o final.str

Onde -j significa join e o número 2 o intervalo de tempo entre o fim de uma legenda e o início da outra. Você vai ter que pensar um pouquinho para acertar a conta mas não vai doer nada. Não se esqueça de adicionar o tempo sem legendas até o fim do arquivo.